Virtual_Challenge
Title Virtual Cell Challenge: Toward a Turing test for the virtual cell Introduction These ‘‘virtual cells’’ are expected to learn the relationship between cell state and function…
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Systema
Title Systema: a framework for evaluating genetic perturbation response prediction beyond systematic variation Abstract 什么是系统变异 Systematic variation：the consistent transcriptional…
Simple_Perform_better
Title Deep-learning-based gene perturbation effect prediction does not yet outperform simple linear baselines 数据集 Norman et al.11, in which 100 individual genes and 124 pairs of ge…
Optimal Transport
# 最优传输 如何用最少的代价将一个质量分布转为另一个质量分布 ## Monge Let μ and ν be two measures in $\mathbb{R}^d$. The optimal transport problem by Monge is defined as $$\begin{equation} {\arg \min }_{T:{T}_…
code_report_2025y9m19d
本周主要针对代码和数据进行了学习 主要先是把GEARS中用到的这些数据下载了下来并查看了数据的格式。 数据 Gene2Go 查看了Go数据集是怎么使用的，以及怎么检索GO数据的实际含义： 搜索GO的信息： https://geneontology.org/ 对于Norman数据集 print (adata_temp) AnnData object with…
对畏难情绪的分析
家里小朋友对学习新的知识有畏难情绪，并且很难接受自己的失败，家长问我怎么办，我这里写一个对畏难情绪的分析。
CellOT
Title Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport Abstract 本文一共干了三件事： predicting the scRNA-seq responses of holdout patients with lupus exposed to in…
当我们在回忆大学生活，我们在回忆什么
四年的时光转瞬即逝。在大二时我还在想大学时光漫长，每天枯燥的做核酸、上课，闲下来便躺在床上玩着手机，晚上还悠闲的在校园里漫步，似乎时间也变得粘稠起来。然而从大三开始为自己的未来做打算后，时间便再也没有为我停留，学习、与他人社交，每一件事都是我急迫去做的。然而当面临大四下数着时间毕业的日子里，回望我的大学生活，大部分事却已经回忆不起来，寥寥的几句话就能概括大部…
还原与给予读书笔记
暑假速通一下现象学，本身我也读过马里翁的《情爱现象学》，正好借此机会更深入的了解一下现象学的相关理论。 不打算记录的那么详细，会将GPT生成的文字和自身看过后想写的一些东西记录下来。
GEARS
Predicting transcriptional outcomes of novel multigene perturbations with GEARS.