2.7k 字 2 分钟

以下的文字纯属是一个没有进入过婚姻关系的狂妄傻逼的胡扯，仅作记录当下自己对婚姻的看法

6.3k 字 6 分钟

Scanpy 是一个专门用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据分析的 Python 库，它的核心数据结构是 AnnData （Annotated Data）。了解 AnnData 数据类型是使用 Scanpy 的关键。以下是对 AnnData 的详细介绍： # 1. AnnData 的结构 AnnData 是一种基于矩阵的数据结构，专为处理大规模高维数据设计。它将表达矩阵和注释信息结合起来，支持存储和处理实验数据的多个层面。 核心组成部分： X (主矩阵)：存储主要的数据，例如基因表达矩阵。 数据类型：通常是 NumPy 数组 ( numpy.ndarray )...
6.3k 字 6 分钟

Scanpy 是一个专门用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据分析的 Python 库，它的核心数据结构是 AnnData （Annotated Data）。了解 AnnData 数据类型是使用 Scanpy 的关键。以下是对 AnnData 的详细介绍： # 1. AnnData 的结构 AnnData 是一种基于矩阵的数据结构，专为处理大规模高维数据设计。它将表达矩阵和注释信息结合起来，支持存储和处理实验数据的多个层面。 核心组成部分： X (主矩阵)：存储主要的数据，例如基因表达矩阵。 数据类型：通常是 NumPy 数组 ( numpy.ndarray )...
4.8k 字 4 分钟

MENDER: fast and scalable tissue structur identification in spatial omics data.

25k 字 23 分钟

STAGATE: Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder

主要利用了 Graph Attention Network 里面的方法，创建 3D SNN 时假设不同切片同一位置具有连续性减轻了批次效应。

34k 字 31 分钟

SpaGCN: Integrating gene expression, spatial location and histology to identify spatial domains and spatially variable genes by graph convolutional network.

主要利用了 spage2vec 方法对数据进行降维便于聚类，在拟合神经网络的时候利用 DEC 方法作为 loss 函数，创造了一种分辨 SVG 基因（提取 meta-gene）的方法。