scanpy数据使用笔记
Scanpy 是一个专门用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据分析的 Python 库,它的核心数据结构是 AnnData (Annotated Data)。了解 AnnData 数据类型是使用 Scanpy 的关键。以下是对 AnnData 的详细介绍: # 1. AnnData 的结构 AnnData 是一种基于矩阵的数据结构,专为处理大规模高维数据设计。它将表达矩阵和注释信息结合起来,支持存储和处理实验数据的多个层面。 核心组成部分: X (主矩阵):存储主要的数据,例如基因表达矩阵。 数据类型:通常是 NumPy 数组 ( numpy.ndarray )...
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Scanpy 是一个专门用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据分析的 Python 库,它的核心数据结构是 AnnData (Annotated Data)。了解 AnnData 数据类型是使用 Scanpy 的关键。以下是对 AnnData 的详细介绍: # 1. AnnData 的结构 AnnData 是一种基于矩阵的数据结构,专为处理大规模高维数据设计。它将表达矩阵和注释信息结合起来,支持存储和处理实验数据的多个层面。 核心组成部分: X (主矩阵):存储主要的数据,例如基因表达矩阵。 数据类型:通常是 NumPy 数组 ( numpy.ndarray )...
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